کتاب معالم المدرستین، با مقدمه‌ای مفصل درباره برخی مسائل اختلافی بین اهل سنت و شیعه آغاز شده است.در این بخش، علاوه بر بیان اختلافات، منشأ اختلافات نیز ذکر شده است.برخی از موارد مورد بحث در مقدمه معالم المدرستین عبارت‌اند از اختلاف درباره صفات خدا، شفاعت پیامبران و توسل به آنها، اختلاف درباره ساختن آرامگاه بر مزار پیامبران و عبادتگاه قرار دادن آن، و همچنین اختلاف درباره گریه برای مردگان.
صحابه و امامت، از نگاه دو مذهب
پس از مقدمه معالم المدرستین، در جلد اول کتاب، دو فصل درباره صحابه و امامت آمده است. فصل اول، حاوی مطالبی درباره تعریف صحابه و عدالت آنان از نگاه مکتب خلفا (اهل سنت) و مکتب اهل بیت (شیعه)، و نقد تعریف اهل سنت از صحابه است. مطالب فصل دوم عبارت‌اند از: امامت و شورای تعیین خلیفه، خلافت الهی از نظر مکتب خلفا و مکتب اهل بیت،عصمت اهل بیت، تعیین ولی امر از سوی پیامبر(صلی‌علیه و اله و سلم)،شهرت لقب «وصی» برای امام علی(علیه‌السلام)و همچنین مطالبی درباره کتمان فضائل امام علی(علیه‌السلام) و سَبّ و لعن وی در دوره معاویه و پس از او در زمان دیگر خلفای بنی امیه.
علامه عسکری در فصل دوم معالم المدرستین، همچنین ده روش کتمان و تحریف سنت پیامبر(صلی‌علیه واله و سلم) و روایات حاکی از سیره اهل بیت و اصحاب پیامبر را بیان کرده است؛ از جمله: حذف بخش‌هایی از احادیث حاکی از سنت پیامبر و تبدیل آن به کلمات مبهم، حذف تمام یک روایت از منابع روایی، تأویل معنای روایات، نهی از کتابت روایات حاوی سنت پیامبر(صلی‌الله علیه و آلهوسلم)، سوزاندن کتاب‌ها و جعل احادیث.
منابع شریعت اسلامی
جلد دوم معالم المدرستین، دربردارنده مطالبی درباره منابع معتبر دینی از نظر مکتب خلفا و مکتب اهل بیت است. در این جلد ابتدا پنج اصطلاح قرآن، سنت، بدعت، فقه و اجتهاد از نظر هر دو مکتب توضیح داده شده است.موارد دیگری که در این جلد به تفصیل ذکر شده، عبارت‌اند از: منع نشر و کتابت روایات پیامبر در عصر خلفا،اجتهاد از دیدگاه مکتب خلفا و ذکر برخی از صحابه که مجتهد خوانده شده‌اند و همچنین برخی اجتهادهای ابوبکر و عمر درباره زکات، صدقه، خمس و متعه و نیز نقد شیوه اهل سنت و به‌ویژه ابوحنیفه در اجتهاد و در برابر آن، دفاع از شیوه اهل بیت(علیهم السلام) در اتکا به قرآن و سنت پیامبر(صلی‌الله علیه وآله وسلم).در پایان این جلد، مواردی از اجتهادات خلفا ذکر شده که به تصریح سید مرتضی عسکری، در برابر نص کتاب و سنت هستند.
قیام امام حسین(علیه السلام) و نتایج آن
جلد سوم معالم المدرستین، حاوی دو بخش است؛ قیام امام حسین(علیه السلام) برضد انحراف از سنت پیامبر(صلی‌الله علیه و آله وسلم) و بازگرداندن سنت پیامبر به جامعه اسلامی، توسط اهل بیت(علیهم السلام). شرح واقعه عاشورا و زمینه‌های شکل‌گیری آن و همچنین رخدادهای پس از آن از جمله حضور اسرای کربلا در شام و خطبه امام سجاد، و همچنین شرح قیام‌هایی که پس از واقعه عاشورا در مکه و مدینه رخ داد، بیش از نیمی از حجم این جلد کتاب را فراگرفته است.در آن سپس شیوه نقل حدیث در مکتب اهل بیت توضیح داده شده و شیوه مکتب خلفا و مکتب اهل بیت در تدوین کتب حدیثی تشریح شده است.
محتوا و نظرات
به باور سید مرتضی عسکری در معالم المدرستین، در دوره خلفا، نشر و کتابت حدیث ممنوع بود؛ اما از سوی دیگر اسرائیلیات نشر داده می‌شد. وی همچنین در این کتاب، علاوه بر نقد حدیث‌نگاری اهل سنت، مواردی از اشتباه در حدیث‌نگاری شیعه را هم ذکر کرده است. بخش مهمی از کتاب معالم المدرستین، درباره سیف بن عمر است که به تحقیق عسکری، روایت‌های جعلی فراوانی از او نقل شده است و ۱۵۰ صحابه جعلی در سند روایات وی وجود دارد. برخی از مطالب معالم المدرستین عبارت‌اند از:
حدیث‌شناسی
یکی از مهمترین مباحث مطرح‌شده در معالم المدرستین، مباحث حدیثی و به‌ویژه حجیت سنت و همچنین کتابت حدیث دانسته شده است.بر این اساس، علامه عسکری به حجیت سنت باور دارد و معتقد است تنها راه دستیابی به سنت، احادیث بر جای مانده از پیامبر(صلی‌الله علیه و آله وسلم) و اهل بیت وی است. سید مرتضی عسکری، برخلاف برخی از نواندیشان اهل سنت، بر این باور است که نهی خلفا، مقطعی و محدود به کتابت حدیث نبوده، بلکه عام و مبتنی بر منع نقل، روایت و کتابت آن بوده است.به باور عسکری، خلفا با آنکه کتابت احادیث پیامبر(صلی‌الله علیه و آله وسلم) را ممنوع کردند، با سیاست نشر اسرائیلیات همراه شدند.
سید مرتضی عسکری از آنجا که در بیشتر آثار خود به دفاع از باورهای شیعه پرداخته، غالبا از منابع معتبر در نزد اهل سنت استفاده کرده است.بر این اساس، از میان ۲۵۰۰ منبعی که در کتاب معالم المدرستین استفاده شده، تنها ۵ درصد منابع شیعه دیده می‌شود.
نقد جوامع حدیثی شیعه
معالم المدرستین، حاوی نقدهایی به شیوه نقل حدیث در کتاب‌های حدیثی شیعه نیز هست.در آن مواردی از اشتباه بیان شده است که در خلال نسخه‌برداری و کتابت احادیث، در مجامع حدیثی راه یافته است. در این زمینه روایتی از کتاب مهم الکافی برای نمونه ذکر شده است.
صحابه جعلی
سید مرتضی عسکری در معالم المدرستین، یکی از روش‌های کتمان و تحریف سنت پیامبر را جعل حدیث دانسته است. او در این زمینه، سیف بن عمر تمیمی را مثال زده است که علاوه بر جعل احادیث بسیار، بیش از ۱۵۰ صحابه جعل کرده است. به گفته وی، روایات سیف بن عمر در بیش از هفتاد کتاب حدیثی مهم اسلامی راه یافته است. نمونه برجسته آن نوشته‌های محمد بن جریر بن یزید طبری است که بیش از دیگران احادیث مجعول وی را نقل کرده است. شناسایی شخصیت سیف بن عمر، از مهمترین دستاوردهای علامه عسکری در مطالعات رجالی دانسته شده است.
