مهم‏ترین سرفصل‏هاى کتاب القران الکریم و روایات المدرستین ، به این شرح است:
جلد اول
نخستین جلد این کتاب، به مباحث مقدماتى پرداخته و فصل‏هاى گوناگونى را در برمى‏گیرد که از این قرار است:
1. ویژگى‏هاى جوامع عرب جاهلى در زمان نزول قرآن؛ مؤلف با بررسى دقیق ویژگى‏هاى جامعه‏شناختى عرب جاهلى، این امکان رابه تحلیل کنندگان و پژوهش‏گران امروزین مى‏دهد که با نظام قبیلگى، اقتصادى، اجتماعى، طبقات مردم، وضعیت فرهنگى و جایگاه شعر و ادب در عرب جاهلى به خوبى آشنا گردد و با این پشتوانه علمى بتواند راستى یا کجى احادیث، روایات و گزارش‏هاى تاریخى را به راحتى تشخیص داده، علّت آن را به دست آورد و سره را از ناسره جدا سازد.
2. ارائه گوشه‏هایى از تاریخ قرآن؛ چگونگى نزول قرآن در مکه و ویژگى‏هاى آن، دوران تبلیغ پنهان و نقش قرآن در پیدایش، شکل‏گیرى و انسجام جمعیت‏هاى پنهانى مسلمانان، روش پیامبر(ص) در آموزش قرآن به این گروه‏ها، چگونگى مبارزه قریش با این کار، سیاست پیامبر(ص) در امر «قرائت قرآن»، معناى واقعى اصطلاح «قرائت قرآن» و دگرگونى آن در روزگار خلفا از موضوع‏هاى مهمى است که در این فصل بررسى شده است.
3. جامعه مکّه و مدینه پس از ظهور اسلام؛ بررسى جامعه‏شناسانه مکّه و مدینه پس از پیدایش اسلام و ارائه ویژگى‏هاى آن، معیار دیگرى است که علاّمه دراختیار محقق مى‏گذارد تا به وسیله آن، درستى یا نادرستى احادیث و گزارش‏هاى تاریخى را بتواند تشخیص دهد.
4. آیه ‏هاى مدح و ذم در قرآن؛ علاّمه عسکرى با بررسى آیات مدح و ذم در قرآن، این نکته را به خوبى دریافته که تأکید پیامبر(ص) بر حفظ و کتابت قرآن و سخنان ایشان باعث گردید در زمان حیات پیامبر(ص) وقایع مهم از جمله آیه‏هایى که در مدح و ذم افراد یا گروه‏ها نازل شدند، ثبت و ضبط شوند و در میان مسلمانان گسترش یابند. علاّمه با تکیه بر این نکته، انحراف‏ها و جعلیات بسیارى را که پس از پیامبر(ص) ـ به ویژه در امر خلافت و امامت ـ پدیدار گردید، برملا ساخته است.
5. بررسى اصطلاحات؛ بر اساس دیدگاه علاّمه عسکرى، نفهمیدن معناى اصطلاحات باعث گردیده فهم بسیارى از منابع تغییر یافته، بر میزان جعلیات و تحریف بیفزاید. ایشان با درک این مطلب، به بررسى دقیق و عمیق اصطلاحاتى که در این موضوع به کار مى‏آیند، پرداخته و با تلاش محققانه خود معناى حقیقى اصطلاحات: وحى، قرآن، کتاب، مصحف، سوره، آیه، جزء، حزب، تلاوت، قرائت، قرائت در اصطلاح محدّثان، جامع، حافظ، تجوید، ترتیل و نَسخ را نمایان ساخته است.
جلد دوم
علاّمه عسکرى بر مبناى مباحث مقدماتى جلد نخست، جلد دوم را به نقد و بررسى روایت‏هاى مدرسه خلفا در زمینه قرآن کریم اختصاص داده است. مباحثى که در این جلد آمده، به این شرح است:
1. تحریف؛ برخى دانشمندان با استناد به حدیثى از پیامبر(ص) که: «هرگونه تحریفى در امت‏هاى پیشین در این امت نیز رخ خواهد نمود.» گفته‏اند: چون کتاب‏هاى امت‏هاى پیشین تحریف گردیده، پس قرآن نیز تحریف شده است. آنان این مطلب بى‏اساس را به احادیثى از معصومان(ع) تقویت کرده و گفته‏هایى را نیز از صحابه ـ در وجود آیات و سور بلند و کوتاه ـ آورده‏اند. علاّمه عسکرى در این فصل با بررسى این روایت‏ها، سستى و سخافت بسیارى از آن‏ها را روشن ساخته و دلیل به جودآمدن چنین باورهاى غلطى را نفهمیدن معناى روایت و منظور پیامبر(ص)، امام و صحابى مى‏داند.
2. بررسى روایات «بسمله» و دلایل تاریخى به وجودآمدن آن‏ها؛
3. بررسى روایات «جمع‏آورى قرآن» و تناقض‏هاى موجود در آن؛
4. بیان اصطلاح «تجرید قرآن»؛
5. بررسى روایت‏هاى «اختلاف مصاحف»؛
6. بررسى روایت‏هاى «سبعة احرف»؛
7. بررسى و نقد چگونگى «قرائت قرّاء»؛ علاّمه در این فصل، اشتباه‏هاى قرّاء را در تغییر آیه‏هاى قرآن برشمرده و کار آن‏ها را عقلاً تقبیح کرده است.
8. بررسى موضوع «نَسخ»؛ مؤلف در این فصل با انکار نَسخِ آیه‏اى به آیه‏اى دیگر، نَسخْ در قرآن را به نسخ شریعت‏هاى دیگر و نسخ حکمى موقت که داستانش در قرآن آمده، معنا کرده است.
بخش پایانى این جلد، سرگذشت قرآن را در روزگار خلفاى سه‏گانه، دوران حکومت حضرت على(ع) و عصر حکومت امویان و عباسیان مفصلاً شرح داده و از نقش مخرب مستشرقان در ایجاد بینش‏هاى غلط نسبت به قرآن، پرده برداشته است.
جلد سوم
علاّمه سیدمرتضى عسکرى در این جلد، به بررسى روایت‏هاى مدرسه اهل‏بیت(ع) درباره قرآن پرداخته و در این راه کتاب فصل الخطاب حاجى نورى را که تمام این روایات را جمع‏آورى کرده و دستاویزى براى ضربه‏زدن به مکتب اهل‏بیت(ع) از سوى مخالفان شده، به دقت ارزیابى کرده است. هم‏چنین تهمت‏هایى را که نویسنده کتاب الشیعة والقرآن به مکتب تشیّع روا داشته، موشکافانه بررسیده و به نقد کشانیده است. علاّمه در بررسى این دو کتاب، نخست ویژگى‏هاى آن دو را برشمرده، سپس اشتباهاتى را که در نُسخ مختلف منابع و مصادر اسلامى وجود دارد، بررسیده، آن گاه روش اصولى‏ها و اخباریان را در مدرسه اهل‏بیت(ع) معرفى و تاریخ تحول احادیث را نزد ایشان بیان کرده و در پایان عمل‏کرد و روش اهل‏بیت(ع)، پیروان و شاگردان ایشان را در شناسایى احادیث صحیح از سقیم شرح داده است.
سخنان و دیدگاه‏هاى دانشمندان مکتب اهل‏بیت(ع) پیرامون قرآن، در فصل دیگرى از این جلد آمده و دیدگاه و ادله حاجى نورى در کتاب فصل الخطاب هم‏چنین کتاب‏هایى که اصل و ریشه درستى از آن‏ها در دست نیست، همانند دبستان المذاهب به دقت بررسى و نقد گردیده است.
علاّمه عسکرى در تدوین این کتاب، با بهره‏گیرى از تعالیم بلند مکتب اهل‏بیت(ع) و با دلایل قاطع، علمى، منطقى و به دور از تعصب‏هاى فرقه‏گرایانه و با طراحى و ساخت ابزارى دقیق ثابت نموده که از نظر مکتب اهل‏بیت(ع) قرآن امروزى با آن‏چه بر پیامبر(ص) نازل شده، ذره‏اى تفاوت ندارد